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故宫扩建期主要在明嘉靖朝。嘉靖皇帝朱厚熜在位45年，既按照城市管理的需要，又满足自己的喜好，对紫禁城进行了扩建。首先根据当时北京城市的发展和辐射力，在帝国工商业越来越发达、城市人口越来越聚集的情况下，在元大都“准四重城”的“三朝五门”基础上，建设为“五重城”的“三朝五门”，使中轴线出现了“宫城、卫城、禁城、皇城、大城”建制。因此，元宫城以南的“三重门”（崇天门、棂星门、丽正门）扩建为“五重门”的午门、端门、承天门、大明门、正阳门，并加筑了外罗城，在长二十八里沿线上建设了七座门，即永定门、右安门、广渠门、广宁门（广安门）、东便门、西便门。

嘉靖迷信道教，修建了大量寺庙。据记载，嘉靖皇帝为供养一个道士，便大兴土木，修建庙宇，供其传教。北京的道教庙宇主要是在嘉靖朝期间修建或重建，如大光明殿、大高玄殿、太素殿等。大光明殿是原燕王府的永寿宫，嘉靖三十六年（1557年）时修建。据《日下旧闻考》载，“大光明殿，门向东，曰登丰，曰广福，曰广和，曰广宁，二重门曰玉宫，曰照祥，曰凝瑞。前殿则大光明殿也，左太始殿，右太初殿。又有宣恩亭、飨址亭、一阳亭、万仙亭。后门曰高吉、左安、右安。中为太极殿、东统宗殿、西总道殿。”

此外，嘉靖还大造御园。嘉靖二十一年（1542年），发生了“王寅宫变”。当时，杨金英等16名宫女不堪忍受嘉靖皇帝的昏庸暴虐，趁其在乾清宫熟睡之际，险些把嘉靖勒死。嘉靖虽然没有被勒断气，但由于惊吓过度，一直昏迷着，好久才醒来。此事让嘉靖大为震怒，不仅将一百多名宫女处死，而且从紫禁城搬到了西苑（今北海、中南海）。

自古以来，防备最森严的地方不是监狱，而是皇宫。皇帝为防人行刺，日日夜夜命人巡逻守卫。明朝皇帝的寝宫是紫禁城内的乾清宫，除了皇帝和皇后，其余人都不可以在此居住。妃嫔们也是按次序进御，除非皇帝允许久住，否则当夜就要离开。嘉靖年间的乾清宫，暖阁设在后面，共9间，每间分上下两层，各有楼梯相通，每间设床3张，或在上，或在下，共有27个床位，皇帝可以从中任选一张居住。因而，皇上睡在哪里，谁也不能知道。这种设置，使皇帝的安全大大加强。但千防万防人心难防，从乾清宫搬到西苑后，嘉靖把自己所有喜欢的宝贝统统搬去，而且频繁地兴修宫殿，使西苑建设再上层楼。

故宫的修补期也是衰落期。经历了嘉靖、隆庆、万历三朝，明朝走到了尽头。这期间，宦官当道，官僚腐败，朝廷横征暴敛，农民起义不断，不但王朝财力匮乏岌岌可危，而且天灾人祸致使部分宫殿或遭火灾被烧，或在雷电暴雨中倒塌，或人去楼空荒芜废弃……

“凤凰涅槃”三大殿。紫禁城的三大殿（太和殿、中和殿、保和殿），可谓皇宫中的皇宫、皇冠上的明珠。然而，正是这一神圣的皇权象征，如浴火的凤凰，在600多年岁月中，经历了近10次痛苦的涅槃。

首次浴火，是在紫禁城建成九个月后的永乐十九年（1421年），在朱棣刚刚举行大朝会接受百官朝拜一百多天后，一个惊雷把金銮殿劈中，强大的火势从金銮殿一直烧到中和殿、保和殿，使历经十八年建成的三大殿化为瓦砾。次年，乾清宫又被大火焚成灰烬。直到20年后，朱棣的曾孙明英宗才在原址上重建了三大殿。据《明英宗实录》载：“正统五年三月建奉天、华盖、谨身三殿，乾清、坤宁二宫……六年九月成。”

嘉靖三十六年（1557年）四月，大火又一次光临三大殿、体仁阁、弘义阁、午门等，几乎将紫禁城南部正中化为平地。这场大火持续了半个月，方圆十里都能闻到木材燃烧的檀香味，是紫禁城历史上最大的火灾。讽刺的是，这场大火缘于嘉靖皇帝在祭拜雷神时引来了天雷，劈中了奉先殿，累及华盖殿、谨身殿及三大殿附属的建筑。灾后，举全国之力重建，加剧了明逐渐衰败的颓势。五年后，三大殿建成，并更名为皇极殿、中极殿、建极殿。

万历二十五年（1597年），三大殿再次毁于大火。据载，六月戊寅，火起归极门，延至皇极、中极、建极三殿和文昭、成武二阁，周围房屋俱毁，使紫禁城最重要的五座宫殿成为焦土。此时，明朝国力已不堪重负，从万历年到天启年，三十年后才完成重建。